A Secretaria Acadêmica da FAMA controla e organiza diversos aspectos da vida dos alunos de graduação e pós-graduação. Dentre os serviços desenvolvidos estão: matrícula, manutenção dos registros acadêmicos, elaboração do calendário acadêmico, controle de lançamento de notas, emissão de históricos escolares, programas de disciplinas, certificados de conclusão de curso, confecção e emissão de diplomas, além de levantamentos estatísticos para Direção e MEC.